新中国第二个五年计划推进时期，社会主义建设热潮涌动鹭岛。1959年冬，厦门市杏林医院筹建工作启动，筹备处设于杏林区曾营村。初创之时，全院职工仅十余人，未设正式病床，体制亦在探索中前行。

　　1960年春，新址门诊部大楼动工建设，医院同步就地开设门诊所、设置简易病床，有效缓解了当地工农群众就医困难。1964年4月，门诊大楼主体工程竣工，交由厦门市总工会接管改建为厦门市工人疗养院。此后医院历经多次迁址调整：1966年迁回曾营村并新建平房院舍；1968年行政隶属关系由杏林镇划归厦门郊区，同年12月与厦门市工人疗养院合并，定名为“厦门市杏林工农医院”；1975年9月20日，医院划归厦门市卫生局直属管理，正式命名为“厦门市杏林医院”。十六载风雨兼程，杏林医院在百废待兴中夯基垒台、立柱架梁，为日后的发展奠定了坚实根基。

　　改革开放的春风吹拂鹭岛，杏林医院敏锐把握历史机遇，乘势而上、砥砺前行。1978年杏林区委成立后，医院党团工会组织关系划归杏林区委领导，人事、财政、业务管理仍隶属于厦门市卫生局。此后，医院规模持续稳步扩大：1987年床位扩编至125张，1991年底增至200张；1997年，医院获评二级乙等医院。

　　1999年，杏林医院迎来建院四十周年庆典，四十年筚路蓝缕，几代杏医人秉持“患者至上”的初心，在救死扶伤的道路上矢志不渝、精益求精。

　　2003年6月，按照厦门市人民政府部署，厦门市杏林医院与厦门市第一医院合并，更名为“厦门市第一医院杏林分院”，开启市属医院资源整合、优势互补的全新发展阶段。同年新病房大楼落成，硬件条件实现跨越式提升。

　　合并之后，杏林分院在传承中创新、在融合中发展。2004年6月，原鼓浪屿肺科划归市第一医院管理并落户杏林分院，该科可追溯至1898年成立的鼓浪屿教会医院（救世医院），已有百余年历史。此后，肺科专科实力持续增强，成为厦门市结核病防治的指定科室，专注于重症、难治性肺结核及呼吸系统疑难病症的诊疗。2006年，感染性疾病科成立，逐步发展为厦门地区肝病及多种感染性疾病防控的关键科室。2007年8月，杏林医学中心大楼投入使用。2016年，消化内镜中心成立，与灌口镇中心卫生院建立医联体协作，挂牌“厦门市结核病专病中心”。2020年2月，面对新冠肺炎疫情的严峻考验，医院成为厦门市新型冠状病毒感染肺炎定点救治医院，全院医务工作者迎难而上，筑牢疫情防控防线。二十年间，医院坚持医教研协同发展，在综合医疗稳步发展的同时，持续做强传染病特色专科，守护厦门岛外群众生命健康。

　　新时代公共卫生体系建设加快推进，医院发展迎来全新定位。2023年，医院更名为“厦门大学附属第一医院杏林院区”，并成立院区管理领导小组。2024年底，依据厦门市人民政府专题会议纪要及市委编办批复精神，杏林医院恢复独立建制，加挂“厦门市传染病医院”牌子，由厦门大学附属第一医院托管。医院明确“大专科、小综合”发展定位与“平急结合”管理模式，核定床位1000张。2026年，医院加入厦门大学附属第一医院紧密型城市医疗集团，扎实推进学科规划、诊疗技术、人才培养、平台共享四个一体化进程。

　　历经六十七载薪火相传，杏林医院从滩涂边十余人的筹建团队，成长为集医疗、教学、科研于一体，以传染病救治为特色的现代化医院。几代杏医人初心不改、薪火相继，在守护人民健康的道路上步履不停，持续为厦门公共卫生事业书写新的篇章。