医院开始筹建，筹建处办公地点设在杏林区曾营村内，全院职工10多人，没有正式病床编制。
1959年冬
筹建新址（现杏林医院所在地）门诊部大楼，并就地开设门诊所，设置简易病床。医院行政上隶属杏林工业区委员会卫生科领导。
1960年4月
医院从曾营村迁移到杏林区东风路十三号楼一楼（现杏林百货商店西侧）办公。
1963年
门诊部大楼主体工程竣工，由厦门市总工会负责接管，改办“厦门市工人疗养院”。
1964年4月
医院从十三号楼迁回曾营村原地，并新建一幢平房（建筑面积300㎡）。
1966年4月
医院行政管理上由杏林镇改隶属厦门郊区领导。
1968年6月
“杏林医院”与“厦门市工人疗养院”合并，并称为“厦门市杏林工农医院”。职工43人，设病床40张，行政上隶属厦门郊区卫生科。
1968年12月
医院隶属改划厦门市卫生局直接管辖，成为市卫生局直属医疗单位之一，并正式命名为“厦门市杏林医院”。全院职工数69人，床位定编增至100张。
1975年9月20日
中共厦门市杏林区委成立后，杏林医院党、团、工会等组织关系分划归杏林区委领导，其人事、财政业务管理上仍属市卫生局领导。
1978年10月
床位扩编至125张。
1987年
床位扩编至200张。
1991年底
被评为二级乙等医院。
1997年
杏林医院建院四十周年院庆。
1999年
新病房大楼落成。
2003年
根据厦门市人民政府有关文件精神，“厦门市第一医院”和“厦门市杏林医院”正式合并，更名为“厦门市第一医院杏林分院”。
2003年6月
肺科由原鼓浪屿肺科成建制划归市第一医院管理并落户杏林分院。
2004年6月
杏林医学中心大楼投入使用。
2007年8月
成立杏林分院消化内镜中心，与灌口镇中心卫生院签订医联体协作，挂牌“厦门市结核病专病中心”。
2016年
成立厦门市新型冠状病毒感染肺炎定点救治医院。
2020年2月
更名为“厦门大学附属第一医院杏林院区”，并成立杏林院区管理领导小组。
2023年
厦门市杏林医院独立建制，加挂“厦门市传染病医院”牌子，由厦门大学附属第一医院托管。
