厦门市杏林医院感染科前身为厦门大学附属第一医院感染性疾病科，自2006年成立以来，一直承担厦门市公共卫生应急的重要职能。自2012年起，科室被厦门市卫计委指定为艾滋病定点救治医院，并获得政策倾斜与经费支持，将艾滋病全程管理及其他法定传染病作为科室建设的重要目标，致力于控制传播、延长患者生存时间和改善生活质量。2020年因新冠疫情影响，科室病房和门诊暂时转移至岛内。2023年，杏林院区门诊和病房全面恢复运行。目前科室设有40张床位，病房严格按照传染病“三区两通道”规范设计，为患者提供安全、科学的治疗环境。

　　感染科汇聚建科元老刘家俊、吴晓鹭两位省级专家，专注于常见及疑难传染病的诊疗与研究。2024年起，科室与上海复旦大学附属华山医院感染科建立深度合作，整合华山医院先进医疗资源与本院临床实践优势，通过远程会诊平台为疑难病例提供国内顶尖专家的诊疗建议，进一步提升诊疗水平和学术影响力。

　　科室在法定传染病的诊治方面经验丰富，特别是在发热待查、重症肝炎/肝衰竭、艾滋病晚期、复杂细菌与真菌感染等重症疾病领域已建立完整的救治体系，熟练运用呼吸机、人工肝、血液透析等先进技术成功抢救多例危重患者。

　　在艾滋病诊疗领域，科室能准确判定ART（抗病毒治疗）的临床疗效，艾滋病及相关机会性感染病例收治数量逐年增加，包括艾滋病并卡氏肺孢子菌肺炎、腹腔结核、结核性脑膜炎、播散性非结核分枝杆菌病、肺部真菌感染、隐球菌性脑膜炎、马尔尼菲青霉菌病及脓毒血症等感染性疾病，此外还涉及淋巴瘤、肺部恶性肿瘤、卡波西肉瘤等疾病的多学科联合诊疗，诊断精准，疗效显著。

　　此外，科室为艾滋病、乙肝及梅毒患者家庭提供综合干预，包括孕妇产前、产时及产后服务，基本实现了艾滋病、乙肝、梅毒母婴传播的全面阻断。